조선 중기 이후 동인이 북인과 남인으로 분파되면서 발생했다. 남인은 초기에는 禹性傳, 이덕형, 류성룡, 김성일, 후기에는 윤휴, 許穆·許積 등이 영도하였다. 학문적으로는 조식을 따르는 선비들은 북인을, 이황의 학파는 남인을 구성했다.